Het Muhka hanteert al decennia lang een systematische praktijk van onderzoek en beeldvorming van zijn collectie. Parallel hieraan ontwikkelde het museum een historiografische visie, met centraal de vraag naar de internationale naoorlogse avant-garde, en een contextuele onderzoekspraktijk.
De onderzoekgerichtheid blijkt niet alleen in de presentatiewerking, maar ook in de dieptewerking met sommige kunstenaars zoals met Jimmie Durham of met Panamarenko. Het vindt ook uitdrukking in meerjarige onderzoekssamenwerkingen.
Het Muhka richt zich eveneens op het uitbouwen van instrumenten die de onderzoekoutput kunnen kwantificeren en zichtbaar maken, zoals ensembles.org – een CMS dat gericht is op incrementele en gedifferentieerde structurering van informatie en dat onderzoek en publieksgerichtheid verbindt – dat het kerninstrument vormt waarop deze output gerichte ontwikkelingen uitgelijnd zijn. Daarnaast wordt onderzoek ontsloten via instrumenten zoals discursieve platformen zoals Afterall en L’Internationale Online, eigen digitale onderzoekplatformen en e-books.
Dit alles vanuit de overtuiging dat musea bestaansrecht hebben in de zin van de ICOM-bepaling; het verzamelen van de materiële en immateriële getuigenissen van de mens en zijn omgeving, het bewaren, presenteren, en onderzoeken hiervan.